Πράγματι η μέθοδος PCR ανιχνεύει πολύ γρηγορότερα τα στελέχη HIV σε σχέση με την κλασική μέτρηση καθώς η PCR ανιχνεύει το ιικό φορτίο του ιού και επομένως την παρουσία του ακόμα και εάν αυτός βρίσκεται σε μικρά ποσά. Αντίθετα, η κλασική μέθοδος προσδιορίζει την ύπαρξη αντισωμάτων έναντι του ιού. Τα αντισώματα για να παραχθούν χρειάζονται τουλάχιστον ένα μήνα (1-3 μήνες), επομένως ο ιός μπορεί να υπάρχει ήδη στον οργανισμό και τα αντισώματα να είναι εσφαλμένα αρνητικά, εάν η μέτρησή τους έγινε πολύ κοντά στην ημέρα της πιθανής λοίμωξης
